SYNAQUA – Genetisches Biomonitoring von aquatischen Ökosystemen
Im Interreg-Projekt SYNAQUA (SYNérgie transfrontalière pour la bio-surveillance et la préservation des écosystèmes AQUAtiques) arbeiten Projektpartner aus der Schweiz und aus Frankreich daran, genetische Methoden zur biologischen Überwachung von Oberflächengewässern zu etablieren. Dieser innovative Ansatz basiert auf der direkten Bestimmung von Bioindikator-Organismen in Gewässern auf der Basis von DNA-Sequenzen wie genetischen Barcodes. Eine neue Methode zur Analyse von Umwelt-DNA erlaubt es, robuste und zuverlässige Werkzeuge zu erarbeiten, um molekulare Indizes zu berechnen und die ökologische Wasserqualität zu bestimmen. So werden die etablierten Methoden zur biologischen Überwachung optimiert.
Das Projekt SYNAQUA konzentriert sich auf zwei Gruppen von biologischen Indikatororganismen, Diatomeen (Kieselalgen) und Oligochaeten, die hier zum ersten Mal zusammen angewendet werden. Beide Organismengruppen werden in Frankreich und der Schweiz zur biologischen Gewässerüberwachung eingesetzt. Diatomeen sind winzige Süsswasseralgen und zeigen eine Belastung durch Nährstoffe und organische Verbindungen an. Oligochaeten sind benthische Wirbellose, die sich in Sedimenten entwickeln und Indikatoren der Sedimentqualität sind. Folgende Punkte werden bearbeitet:
- Validierung der molekularen Methode
- Entwicklung eines standardisierten DNA-Indizes für die Bestimmung der Wasserqualität. Der Ansatz soll in französischen und Schweizer Flüssen und den Uferbereichen des Genfersees überprüft werden.
- Sensibilisierung der Fachleute und der Öffentlichkeit für die Vorteile der Umweltgenomik
- Verbesserung der Effizienz des staatlichen Umweltschutzes
Synthese Workshop
Strategy for Successful Integration of eDNA-based Methods in Aquatic Monitoring
Video
Video mit englischen Untertiteln: https://youtu.be/ryyaipWh8Es
Resultate
Alle Resultate des Projekts SYNAQUA sind online verfügbar.
Publikationen
Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Lafont, M. & Ferrari, B.J.D. (2020) High-throughput DNA barcoding of oligochaetes for abundance-based indices to assess the biological quality of sediments in streams and lakes. Scientific Reports 10, 2041. https://doi.org/10.1038/s41598-020-58703-2
Download Artikel [PDF, 1164 kb]
Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2019) Testing different (e)DNA metabarcoding approaches to assess aquatic oligochaete diversity and the biological quality of sediments. Ecological Indicators, 106, 105453
Download von Sciencedirect
Lefrançois, E., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Blancher, P., Botreau, S., Chardon, C., Crepin, L., Cordier, T., Cordonier, A., Domaizon, I., Ferrari, B.J.D., Guéguen, J., Hustache, J.-C., Jacas, L., Jacquet, S., Lacroix, S., Mazenq, A.-L., Pawlowska, A., Perney, P., Pawlowski, J., Rimet, F., Rubin, J.-F., Trevisan, D., Vivien, R., Bouchez, A. (2018) Development and implementation of eco-genomic tools for aquatic ecosystem biomonitoring: the SYNAQUA French-Swiss program. Environmental Science and Pollution Research https://doi.org/10.1007/s11356-018-2172-2
Download von Springer
Vivien, R., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2018) Simultaneous preservation of the DNA quality, the community composition and the density of freshwater oligochaetes for the development of genetically based biological indices. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.6050Download Artikel [PDF, 232 kb]
Vivien, R., Holzmann, M., Werner, I., Pawlowski, J., Lafont, M. and Ferrari, B.J.D. (2017) Cytochrome c oxidase barcodes for aquatic oligochaete identification: development of a Swiss reference database. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.4122Download Artikel [PDF, 451 kb]
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